Ca multe dintre aspectele legate de masonerie, originile Ordinului pot lăsa loc de ample dezbateri și cercetări documentare. Se recunoscuse și documentase, cu mai bine de 150 de ani înainte de apariția „oficială” a Masoneriei Mărcii, faptul că masonii operativi își imprimau/ștanțau cu semne speciale pietrele pe care le pregăteau, încă din cele mai vechi timpuri. Aceste semne erau de doua tipuri, cele care indicau orientarea și poziția pietrei în interiorul construcției, cele care reprezentau o marcă personală pentru a identifica masonul care a lucrat piatra respectivă. Semne suplimentare au fost uneori folosite pentru a indica și cariera din care piatra a fost extrasă.
Mergând mult în urma, pe firul istoriei, astfel de semne se regăsesc pe construcții realizate pe parcursul a câtorva milenii in foarte multe locuri: Egipt, Ierusalim, Grecia și Roma Antică, Anglia, Franța, Germania, Italia, Spania, Mexic, Peru, etc.
În Egipt, unele dintre semnele găsite imprimate în pietrele piramidelor din Giza, deși mulți istorici susțin faptul ca acestea aparțin mai degrabă carierelor decât constructorilor, sunt de interes nu atât prin simbolistică, ci prin faptul că au continuat sa fie folosite ca mărci ale constructorilor in Evul Mediu, dar și în prezent, în Masoneria Mărcii.
În Europa Medievală și în cea modernă, însemnele sunt datate ca fiind gravate începând cu secolul al XII-lea, în pietrele de construcție ale diferitelor edificii, de exemplu castele, biserici, catedrale sau clădiri administrative iar începând cu secolul al XIX-lea, acestea au devenit de interes academic, o dată cu publicarea unor arti- cole pe această temă în Anglia, Franța și Scoția.
Înainte de aceasta, în secolul al XVI-lea, sau poate chiar înainte, fiecărui constructor scoțian îi era atribuită o marcă distinctă, care era înregistrată în Registrul Lojii. Lojile care admiteau și membri neoperativi au preluat această practică, de aici evoluând, o dată cu dezvoltarea și răspândirea masoneriei speculative, Ordinul Masonic al Mărcii.
Prima mențiune a lucrării unui grad al Mărcii în Anglia, se regăsește în 1723, în Constituția din arhiva Marii Loji Provinciale din Durham (Provincial Grand Lodge of Durham), pe a cărei ultimă pagină este menționat un Frate care a primit gradul de Mason al Mărcii. Exprimarea lasă de înțeles o formă de ceremonie care ar fi fost realizată, însă nu este clar dacă este vorba de o ceremonie de acordare a gradului sau nu.
Cea mai veche atestare documentară a unui ritual pentru Masoni ai Mărcii și Maeștri Masoni ai Mărcii este în Capitulul Arcului Regal nr. 257 din Portsmouth, în 1769, și este legată de un nume bine cunoscut în masonerie, Thomas Dunkerley. Prima Mare Lojă Simbolică înființată în 1717 nu recunoștea Sfântul Arc Regal, sau Ceremonia de Exaltare, ce-a de-a doua Mare Lojă înființată in 1751 fiind o consecință a dezacordurilor asupra conținutului ritualurilor.
Compromisul s-a făcut de abia în 1813, prin unirea celor doua Mari Loji, care, însă, nu recunoșteau decât trei grade – Ucenic (Discipol), Calfă (Companion) și Maestru, incluzând și Ordinul Suprem al Sfântului Arc Regal (Royal Arch), scoțând, astfel, din discuție orice alt grad. Astfel, toate celelalte ordine masonice, inclusiv Masoneria Mărcii, au căpătat un statut separat. După 1813, popularitatea gradelor de Mason al Mărcii și Maestru Mason al Mărcii crește, iar acestea se acordă în Lojile Simbolice dar și în Capitulele Arcului Regal, însă în mod neoficial.
În 1856, după eșuarea unei încercări de a include gradul de Maestru de Marcă sub aripa UGLE, ca o completare a gradului de Calfă, se înființează Marea Lojă a Angliei a Maeștrilor Masoni ai Mărcii (English Grand Lodge of Mark Master Masons).