În Anglia și Țara Galilor, Ordinul Masonilor Mărcii este considerat unul separat, datorită faptului că Marea Lojă Unită a Angliei consideră că masoneria pură se compune numai din trei grade: Ucenic, Calfă și Maestru, incluzând și Ordinul Suprem al Sfântului Arc Regal. În alte țări însă (Scoția și Irlanda), Masoneria Mărcii face parte din structura masoneriei în general, în timp ce în Statele Unite Ordinul Mărcii este parte integrantă din Ritul York).
Ordinul este guvernat de Marea Loja a Maeștrilor Masoni ai Mărcii – The Grand Lodge of Mark Master Masons of England and Wales and its Districts and Lodges Overseas (GLMMM). Aceasta este structurată similar altor Ordine Masonice care depășesc granițele internaționale. În Regatul Unit al Marii Britanii, Ordinul cuprinde 42 de zone geografice, numite Provincii, fiecare fiind condusă de un Mare Maestru Provincial.
În afara Regatului Unit există o structură identică, cu deosebirea că zonele respective poartă numele de Districte. Un grup format din mai puțin de șase Loji este uneori organizat sub forma unor Inspectorate conduse de un Mare Inspector, dar principiile de operare sunt similare cu cele ale Provinciilor sau Districtelor.
Marea Lojă a Maeștrilor Masoni ai Mărcii controlează și un alt grad, Royal Ark Mariner (RAM). Acesta se acordă numai Maeștrilor Masoni ai Mărcii, lojile RAM fiind legate (ancorate) de cele de Masoni ai Mărcii.
Ordinul este condus formal de Marele Maestru – Prea Respectabilul Frate, Alteța Sa Regală, Prințul Michael de Kent – fratele Marelui Maestru al Marii Loji Unite a Angliei – Prea Respectabilul Frate, Alteța Sa Regală, Prințul Edward de Kent în timp ce funcționarea executivă a Ordinului este transferată Drept Respectabilului Frate Raymond J. Smith, Pro Mare Maestru al Ordinului.
Constituția este organizată după modelul Constituției Marii Loji Unite a Angliei, având un articol care prevede că, în cazul în care Constituția Ordinului Maeștrilor Masoni ai Mărcii nu acoperă o anumită problemă, se vor aplica dispozițiile și prevederile relevante din Constituția Marii Loji Unite a Angliei.